A História da pós-graduação do Instituto de Biologia começou com a publicação da Portaria Nº 384 de 1967 que designou o Professor Alexandre Leal Costa como coordenador da Pós-Graduação em Biologia, a pós-graduação na UFBA ainda era uma semente. No início dos anos 1970, em termos acadêmicos a Universidade girava apenas em torno das atividades de graduação.
No ano de 1975 foi firmado o primeiro convênio internacional com a Rockefeller Foundation, com o objetivo de desenvolver técnicas de cultivo com organismos aquáticos comestíveis. Sob a direção da Pró-Reitora Professora Maria Augusta e coordenado pela Professora Iracema Andrade Nascimento, após sucessivas renovações o convênio foi extinto em 1982. Os resultados promissores deste convênio levaram à assinatura de outro com o British Council (Oyster Culture Project), que subsidiou a implantação e desenvolvimento do projeto ostreicultura que vigorou entre 1982 e 1992, com uma base de pesquisa (um barco Laboratório) cedido pelo Governo Britânico, implantado na Baía de Todos os Santos, e dirigida pelo Dr. J. Shelbourne, que com vários professores do Instituto de Biologia, que coordenados pela Professora Iracema Nascimento desenvolveu diversos estudos ligados ao tema. Este projeto propiciou bolsas de estudos para aperfeiçoamento dos professores do Instituto de Biologia no exterior, enraizando a formação de pessoal e a posterior criação dos Cursos de Pós-graduação do Instituto de Biologia da UFBA que se iniciou com o Mestrado em Produção Aquática cujo programa vigorou com este nome, entre 1982 e 1996. Nesta mesma época, foi criado o Mestrado em Botânica que foi desativado em 1995. Durante o período de atividade destes cursos vários convênios de colaboração foram firmados com entidades internacionais, dentre eles destacamos International Development Agency, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Università di Napoli Federico II, Overseas Development Agency e a Universidade de Plymouth.
Com o fechamento dos dois programas de pós-graduação do Instituto de Biologia, iniciaram-se as discussões para criação de um novo programa. Assim, considerando os projetos e convênios de grande porte existentes na época (biomonitoramento), criou-se em 2000 o Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Biomonitoramento. Em 2007, foi criado o Programa de Pós-Graduação em Diversidade Animal e logo em seguida o Programa de Pós-Graduação em Genética e Biodiversidade. Em 2014, criou-se o Programa de pós-graduação em Microbiologia.
