A bacia hidrográfica do rio São Francisco é uma das maiores do Brasil, corresponde a 8% do território brasileiro e abrange 503 municípios. O rio drena áreas dos biomas de Cerrado, Caatinga e Mata Atlântica, atravessando áreas de ampla riqueza de ambientes. A ictiofauna do São Francisco tem sido estudada desde as primeiras expedições científicas ao Brasil, no entanto, trabalhos de levantamento de espécies são raros, principalmente na região do médio São Francisco. Este trabalho tem como objetivo realizar um inventário e caracterização taxonômica das espécies da ordem Characiformes da região do médio curso do rio São Francisco e tributários (MSF). Integrantes da ordem Characiformes são caracterizados por possuir o corpo coberto por escamas, nadadeiras pélvicas geralmente situadas bem atrás da inserção das peitorais, presença, geralmente, de nadadeira adiposa e presença de raios moles. Para realização do estudo taxonômico, foram examinados os lotes de peixes pertencentes à ordem Characiformes, depositados na coleção ictiológica do Museu de História Natural da Bahia (MHNBA), sediado no Instituto de Biologia, na Universidade Federal da Bahia. Para identificação e caracterização das espécies, foram analisadas características morfométricas, merísticas e de colorido, utilizando chaves de identificação específicas. Especialistas em grupos taxonômicos específicos também foram consultados em casos de dúvidas a fim de conferir a correta identificação das espécies. Foram analisados 460 lotes de peixes do MHNBA provenientes do MSF. Uma lista contendo 39 espécies de Characiformes foi produzida, distribuídas em 29 gêneros e 9 famílias (Acestrorhynchidae, Anostomidae, Bryconidae, Characidae, Curimatidae, Erythrinidae, Iguanodectidae, Prochilodontidae e Serrasalmidae). Characidae foi a família com maior número de espécies, seguida por Anostomidae e Serrasalmidae. Do total de espécies, 29 são nativas, 8 são endêmicas e 2 introduzidas na bacia do rio São Francisco. Entre as espécies listadas estão aquelas de importância econômica (como o dourado, os piaus, os curimatãs). Apenas Salminus franciscanus (o dourado) se enquadra em categoria de ameaça. Comparações com listas de espécies disponíveis em literatura e com aquela obtida a partir do acervo da coleção ictiológica do Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo e da Universidade Federal da Paraíba evidenciaram que não há grandes distinções entre a lista de espécies de Characiformes do MSF aqui apresentada e aquelas presentes nas duas instituições. O que pode indicar boa representatividade da coleção do MHNUF ou que as três instituições são igualmente pouco amostradas na área de interesse. Muitos tributários do MSF não estão representados nas coleções analisadas e aparentemente carecem de amostragem.
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