Entre as diversas formas genotípicas do HIV-1, o subtipo C representa atualmente, cerca de 56% das infecções no mundo, o que sugere que este subtipo possa apresentar características peculiares na capacidade de disseminação. Embora o subtipo B seja o mais prevalente no Brasil, observa-se 30% de prevalência do subtipo C no Sul do país. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo a caracterização molecular de isolados de HIV-1 circulantes na cidade de Porto Alegre, RS. Para tanto, 22 isolados primários de HIV-1 foram caracterizados genotipicamente para determinação do subtipo através de HMA para as regiões env e gag e sequenciamento da região env. Com base na região env, 73,7% das amostras foram classificadas como subtipo B, 21,0% como C e 5,3% como subtipo F. A caracterização da região gag revelou 43,8% de B, 50% de C e 6,2 % subtipo indeterminado. Foi observada uma alta proporção (27,3%) de formas recombinantes (B/C) entre estas regiões. As análises filogenéticas revelaram um alto grau de diversidade genética com 0,7 a 33% de divergência entre as amostras. Essa variação é observada diretamente nos seis padrões distintos que foram encontrados para uma assinatura de aminoácidos na alça V3 do envelope. A análise de distância entre as seqüências mostrou um aumento na taxa de variação dos vírus do subtipo C no Sul do Brasil. Estas análises sugerem que a entrada deste subtipo no país representou um único evento ou aconteceu com um grupo muito pequeno de vírus geneticamente relacionados. Os resultados encontrados neste estudo confirmam as evidências de que a prevalência do subtipo C está aumentando desde a sua introdução na região sul do Brasil.
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